鹿儿岛城的硝烟尚未散尽，郑芝龙已踏入了岛津家久曾经的居所。
他并未落座于那张象征藩主权威的榻榻米，而是径直走到悬挂的九州全图前。手指重重按在代表萨摩的疆域上，声音冷硬如铁：
“此地，即我大明踏平九州的基石。传令，整军，固点，备粮。”
鹿儿岛城成为了明军新的中枢。郑芝龙下令，对这座藩主居城进行彻底的军事化改造。
三百名工匠带着俘虏日夜赶工，在鹿儿岛湾沿岸险要处增筑十二座石砌炮台。每座炮台配备三门千斤佛郎机炮，射界覆盖主要航道。
原有的水军船坞被扩建，十艘缴获的萨摩关船被拆解，木料用于加固明军福船的水线护甲。李魁的水师不再仅仅封锁，而是以鹿儿岛港为母港，形成一支拥有二十四艘主力战船（福船、苍山船）和四十余艘快哨船的常备舰队，巡航范围北抵大隅海峡，南控吐噶喇群岛，彻底断绝九州西南海域的交通。
从鹿儿岛城向北、向东，沿着通往肥后藩（熊本）、大隅藩的主要道路，郑芝龙命令在五处关键隘口修筑永久性棱堡。每堡驻军五百，配备火枪兵两百，弩手一百，骑兵五十，辅兵一百五十。
棱堡设计呈星形，外墙厚达一丈，外挖深壕，引水灌入。堡内设火药库、粮仓、水井，可独立坚守一月。这些堡垒如同楔入萨摩藩与新征服区之间的铁钉，既是前进基地，也是防御节点，更是控制交通线的锁钥。
鹿儿岛城本身被改造成一座巨大的兵营和军械库。城墙加厚，增设炮位三十处，储备火药十万斤，铅弹无数。城内划分区域：军营区、匠作营区、仓储区、军管衙门区。原岛津家武士的宅邸被征用，改造成军官住所和情报中枢。郑芝龙甚至在城下挖掘了数条通往城外关键据点的地道，以备不测。
“三军未动，粮草先行”的古训，郑芝龙执行得更为彻底。
釜山-对马岛-巨济岛-鹿儿岛的航线被固定下来，成为真正的“生命线”。郑芝龙向昭武帝上奏，获准在巨济岛设立“征倭前敌转运使司”，由心腹干将坐镇，统筹粮秣、军械、人员转运。
巨济岛的中转仓规模扩大三倍，可储粮十五万石，并新建大型船坞，可同时维修十艘四百料粮船。朝鲜方面被严令保障陆路运输安全，光海君迫于压力，增派三千军士沿途护粮。
郑芝龙深知完全依赖后方运输风险巨大。他颁布严厉的《萨摩征粮令》：以鹿儿岛军管衙门名义，按田亩征收稻米、豆类、干菜。同时，强行征调大量青壮俘虏和平民，在萨摩藩南部相对平坦肥沃的谷地开辟军屯。由明军老卒带着少量通译监督，发给简陋农具和种子，实行军事化管理。第一批屯田预计次年夏收，虽不足以支撑大军，却能极大缓解后勤压力，并就地补充新鲜蔬菜。
从山东调来的三百工匠及其家眷被妥善安置在鹿儿岛城后山谷的匠作营。营区戒备森严，日夜炉火不熄。他们不仅维修损坏的火铳、铠甲、攻城器械，更利用萨摩本地有限的铁矿、木料资源进行仿制与改良。每日产出：修复火铳八十至一百杆，新制鸟铳二十杆（工艺较粗糙），箭矢三千支，长矛枪头五百个，铠甲部件若干。更重要的是，他们开始尝试利用萨摩藩丰富的硫磺资源，改进火药配方，提升威力。
单纯的军事占领代价高昂，郑芝龙深谙分化瓦解之道，将矛头指向了九州其他藩国。
经过严格筛选（重点考察是否参与过前期抵抗、有无家眷在明军控制区），八百名较为顺从且体格健壮的萨摩降兵（多为原足轻和下级武士）被单独编成“萨摩协从营”。
由十名明军百户长直接统率，配发缴获的日式武器和简易号衣（区别于明军），主要承担：维持鹿儿岛城及周边占领区治安、押送俘虏前往矿场、协助转运物资等辅助性任务。郑芝龙给与其优于普通俘虏的待遇（日供米五合，有微薄军饷），但严令不得配发火器，并实行严格的连坐制。这支“伪军”的出现，极大地减轻了明军一线部队的负担，并给其他萨摩人一个“效忠”的示范。
通译所成为了情报中心。六十名通晓日语（包括萨摩方言）的明军细作（部分由通译所培养，部分从军中选拔机灵者）被源源不断派出。他们的目标不仅是邻近的肥后藩（熊本），更远及丰后（大分）、日向（宫崎）。手段多样：伪装行商、僧侣、浪人，混入城下町收集驻军、粮储、领主动向信息。
重金收买失意藩士、豪商、甚至破落公卿，获取高层决策情报。
利用投降者返回故乡探亲的机会，散布明军强大不可战胜、抵抗必遭屠戮、早降可得厚待等言论。
最关键的一步：郑芝龙授意，通过隐秘渠道，向一些实力较弱、与岛津家或幕府关系不睦的九州小藩（如人吉藩的相良家、佐伯藩的毛利家）传递“善意”——只要名义上臣服大明，断绝与德川联系，停止抵抗，其领地、家名可保，这是赤裸裸的分化诱降。
丘成云并未离开九州。他和他的两百弟子如同幽灵，承担着最黑暗的任务：清除顽固的反抗分子头目、监视降兵降将是否有异动、处理明军内部可能出现的通敌者。他们的存在本身，就是一种无形的威慑，确保郑芝龙的后方相对“干净”。
当萨摩藩的统治机器开始轰鸣运转，郑芝龙的目光投向了北方广袤肥沃的肥后藩（熊本藩）。这里不仅是九州的核心腹地，更是德川幕府在九州的重要支柱加藤清正的领地。郑芝龙没有选择立刻大军压境，而是采用了“剥笋”战术。
明军水师加强了对肥后藩沿海的封锁，特别是针对其重要港口天草诸岛。所有试图运粮进入肥后的商船一律扣押，货物充公，人员暂时关押。同时，细作在肥后境内大肆散布谣言：加藤清正为保存实力，已暗中与明军议和，将牺牲边境的武士集团；明军拥有天雷地火，坚城难挡；抵抗者城破后男子为奴，女子充营妓。恐慌在肥后边境的城下町蔓延。
郑芝龙命令萨摩协从营和部分明军精锐，组成数支数百人的快速部队，不断袭扰肥后藩与萨摩接壤的边境据点（如八代城、水俣）。战术极其狠辣：利用火器优势远程打击，不追求占领，只以杀伤守军、焚毁粮仓、破坏水源、掳掠青壮为目标。得手后迅速撤回萨摩境内堡垒。这种持续不断的放血，让肥后边境守军疲于奔命，士气低落，许多村庄被遗弃，形成一片广阔的无人缓冲地带。
