嘉奖的盛宴尚未冷却，郑芝龙的中军大帐已化为最高效的战争与统治机器。他召集所有核心将领及新设的“行省筹备司”文官，依据圣命，发布了一系列具体的指令：
甲：三路并进，犁庭扫穴。
目标：三个月内，彻底肃清九州、本州西部（中国地区）所有成建制抵抗。六个月，荡平本州东部（关东、东北）德川残党及山野流寇。
东海军（主攻本州）：由陈洪统率。
兵力：陆师精锐两万（含火枪兵三千、重甲兵三千、骑兵两千），水师福船二十艘、苍山船四十艘（负责沿海支援、封锁）。
一路沿海岸线北进，扫荡长门（山口）、周防（山口东部），直逼毛利家老巢广岛。对毛利家，先剿后抚，若开城投降，许其保留部份家名虚衔，移封贫瘠之地；若抵抗，则灭族！
一路沿山阳道东进，经备后（广岛东北）、备中（冈山），目标直指冈山（池田家）、姬路（池田或本多家残部），打通通往近畿（京都、大阪）的道路。
组建“快速清剿营”二十支（每营五百人，含火枪兵两百、骑兵一百、熟悉地形的萨摩/肥后协从军两百），配备驮马，专司清剿溃散武士（“野武士”、“落人狩”）盘踞的山寨、寺院据点。凡遇抵抗，不分男女老幼，尽屠！首级悬于道旁示众。
西海军（平定四国、封锁濑户内海）：由李魁统率。
兵力：水师主力（福船三十艘、苍山船五十艘、大发熕船五艘），陆战兵五千（负责夺岛、登陆作战）。
任务：彻底封锁濑户内海，击沉或俘获一切非明方船只。炮击沿岸可能藏匿抵抗者的港口、渔村。
登陆四国岛，依次扫平阿波（蜂须贺家）、赞岐（生驹家？需查，此时期为京极高知或小藩分立）、伊予、土佐（山内家）。
策略：水陆夹击，速战速决。利用水师优势，对主要城池进行炮击后登陆攻坚。对抵抗者，参照九州处置。
九州镇守军（巩固后方，清剿残敌）：由副将赵武统率。
兵力：陆师一万五千（多为轮换休整部队及新编协从军），水师巡逻船队（负责近岸警戒）。
确保九州全境（尤其新近平定的筑前、筑后）治安，镇压一切反抗苗头。设立保甲连坐制，十户一保，互相监视告发，隐匿反抗者全保连坐。
继续清剿九州内陆山区（如肥后阿苏山区、日向高千穗）的残余势力。**征发降兵、平民为向导和前锋。
保障后勤通道（尤其釜山-对马-九州航线）绝对安全。设立沿海烽燧体系，三十里一墩，遇警举火鸣炮。
西厂（丘成云）任务：渗透本州、四国各大名居城及潜藏据点，绘制精确地图，标记粮仓、武库、水源、暗道。
刺杀负隅顽抗的敌方核心人物（如德川家康若未死、其继承人、毛利辉元等）；监控明军内部及新附协从军，严防通敌、懈怠。赋予丘成云“先斩后奏，皇权特许”之权。
乙：废藩置县。
在军事推进的同时，同步建立行省、府、县三级行政体系，实现“大军过后，即见王化”。
行省设立：定名：“东瀛承宣布政使司”（简称东瀛省）
首府：暂定鹿儿岛城（待本州平定后，迁至更中心的大阪或京都）。
三司长官（由朝廷后续任命，郑芝龙暂代）：
布政使：主管民政、财政、赋税。首要任务：清丈田亩，登记人口（黄册），推行《大明律》。
按察使：主管刑名、监察。首要任务：设立府县衙署、监狱；严惩抗明、违律者；监察官吏。
都指挥使：主管军务、卫所。首要任务：规划卫所屯田；统辖留守驻军；管理军户。
府县划分（首批）：
九州岛：
萨摩府（府治鹿儿岛）：辖鹿儿岛县、大隅县、种子岛县。
肥后府（府治熊本）：辖熊本县、人吉县、天草县。
日向府（府治宫崎/佐土原）：辖宫崎县、延冈县。
筑前府（府治安艺/福冈）：辖福冈县、博多县、宗像县。
筑后府（府治柳川）：辖柳川县、久留米县。（注：此处分府县名称及辖区为小说设定*）
本州西部（随军事推进设立）：
长门府（府治下关）：辖下关县、荻县、山口县。
周防府（府治防府）：辖防府县、岩国县。（后续广岛、冈山、姬路等地，克复即设府县。
四国岛（待定）。
具体措施：
废藩毁城：
每攻克一地，立即废除所有藩主、武士之特权及称号。除选定的府城、县城外，其余大小城池、寨堡一律拆毁！石材用于修路、建衙署，木料充公。彻底消除割据的物质基础。
官吏任命：优先从征倭军中选拔通文墨、有功且忠诚的低级军官、吏员，就地转任府、县主官（知府、知县）及佐贰官（同知、县丞等）。同时，八百里加急奏请朝廷速派进士、举人充任高阶职位。
编户齐民：由布政使司（筹备处）主导，军队配合，强制推行户籍登记（黄册）和土地清丈（鱼鳞册）。所有人口，无论原本身份（公卿、武士、僧侣、平民、贱民），一律编为“民户”或“军户”，纳入大明管理体系。武士阶层强制转业，或为农，或经考核充任底层吏员、捕快，拒不合作者，视为反抗，格杀勿论。
经济命脉：
