当明军紧锣密鼓换装新式武器时，退守江户城的德川家康，生命已如风中残烛。病榻之上，他强撑精神，召集仅存的谱代重臣与本多正信等谋士，做最后的部署。
德川军残部、各地勤王武士、甚至裹挟的部份僧兵与农民，在江户城及周边关隘（如箱根、镰仓）拼凑起约八万守军（实际可战之兵不足五万）。粮草尚能支撑数月，但士气低落，武器陈旧（铁炮不足万挺，且多为老旧式样）。
采取竖壁清野之策，焚毁江户城外围所有房屋、桥梁，制造开阔的死亡地带。在必经之路挖掘纵横交错的深壕（引河水灌入部分），设置多重竹木栅栏、鹿砦。
以江户城本丸天守阁为核心，依托高大坚固的石垣（部分包砖）和密集的橹台（箭塔）。储备滚木礌石、沸油、金汁（粪尿熬煮）。
组建多支“决死队”（含大量浪人、僧兵），配发双刀、长枪及少量火药罐，准备在明军攻城时发起自杀式逆袭，专攻火器阵地或云梯。
德川家康命人将自己象征性的“阵羽织”和“马印”立于天守阁最高处，宣称“将军与城共存亡”，并请出京都皇室的“锦之御旗”复制品（虽无实权，但具象征意义），企图激发“尊皇讨明”的狂热。
然而，这些在中世纪堪称坚固的防御，在即将到来的新式战争机器面前，注定是徒劳的悲鸣。
昭武五年四月初一，郑芝龙亲率五万明军精锐（含三万已换装“迅雷铳”的火枪兵），携全部新式武器，兵临江户城下。
决战序幕拉开！
明军首先在江户外围关键隘口（如品川、浅草）部署“火龙出水”火箭车。随着凄厉的呼啸声，数百支火箭拖着火尾，如同流星火雨般砸向日军预设的深壕防线、栅栏工事及藏兵据点！
猛火油弹落地即爆，粘稠的火焰四处飞溅，点燃一切可燃物，将壕沟变成火河；震天雷装药弹则掀起恐怖的冲击波和破片风暴，将木制工事和隐蔽的日军撕成碎片。仅仅三轮齐射，日军精心构筑的外围防线便土崩瓦解，守军死伤惨重，幸存者肝胆俱裂，争相逃向江户城。
明军火枪兵以营为单位，排成严密的线性横队，踏着鼓点，踩着仍在燃烧的废墟，稳步推进。面对零星日军（多为“决死队”）发起的自杀冲锋，“迅雷铳”展现了恐怖的效率。燧发机括保证了极高的射击可靠性，密集的弹雨形成一道道死亡之墙。日军武士往往冲不到三十步，便被数颗铅弹同时击中倒下。传统的“猪突”战术，在连发火枪面前沦为集体自杀。明军几乎以零伤亡的代价，肃清城外所有据点，将江户城彻底孤立。
四月初六。
明军将数百门大小火炮（新运抵的重型红夷炮）推至江户城护城河外，对准城墙及橹台进行毁灭性轰击。同时，“火龙出水”火箭车再次发威，火雨覆盖城墙后方，压制守军增援和反击。
针对江户城几处主要城门（如大手门、樱田门），明军出动“百虎齐奔”火箭筒小队。士兵在盾牌掩护下抵近至五十步内，肩扛发射！重型破甲火箭带着刺耳的尖啸，狠狠撞上厚重的包铁木门！剧烈的爆炸声中，木屑铁片横飞，坚固的城门被炸开巨大缺口，甚至整扇崩塌！
城门洞开的瞬间，早已准备好的明军敢死队，将点燃的“震天雷”如雨点般投入门洞和两侧城墙马面后的藏兵洞！连绵不绝的爆炸在狭窄空间内迭加，冲击波和致命的铁蒺藜、碎瓷片将拥堵在门后准备堵门的日军炸得血肉横飞，残肢断臂挂满墙壁！硝烟未散，明军重甲步兵已挺着长矛，踩着血肉碎骨，从破口处汹涌而入！
四月初七。
日军利用房屋、街垒进行的层层抵抗，在明军火枪兵精准而密集的齐射下迅速瓦解。燧发枪的高射速和可靠性，使得明军可以快速清理街区，逐屋扫荡。日军擅长的近身伏击，往往刚露头便被数支火枪锁定射杀。配备的铳刺更使火枪兵在狭窄环境下无需换武器，直接格杀冲到近前的敌人。江户街道血流成河，日军尸骸枕藉。
对于盘踞在坚固建筑（如寺庙、仓库）或地道内的残敌，明军不再强攻，直接投入“震天雷”。爆炸的巨响和破片在封闭空间内杀伤效果倍增，往往一枚就能肃清一处据点。负隅顽抗的武士和僧兵，连同其藏身之所，一同化为废墟。
丘成云亲率西厂最精锐的百名番子，如同暗夜中的毒蛇，专司“斩首”。他们利用超凡的轻功和辟邪剑法，避开正面战场，潜入内城，精准刺杀了数名负责区域防御的德川重臣（酒井忠次之子酒井忠世等），并在本丸多处关键位置纵火，制造更大混乱。
四月初九。
明军重重包围了江户城的最后堡垒——本丸天守阁。德川家康已陷入弥留，由其孙德川家光（在谱代扶持下）象征性指挥。
明军调集所有“火龙出水”，对天守阁进行覆盖性火箭轰击！燃烧的火箭钉入木制楼体，引燃大火。同时，“百虎齐奔”集中轰击天守阁底层石垣基座，炸开缺口。
最后，明军重甲步兵顶着沸油金汁，从缺口和燃烧的楼梯向上强攻。残存的德川旗本武士进行了绝望的“玉碎”冲锋，但在狭窄空间内，面对明军火枪兵的抵近齐射和重甲步兵的长矛阵，如同扑火飞蛾。激战半日，天守阁顶层的德川葵纹旗在烈火中轰然坠落。德川家光及一众家臣于顶层切腹自尽。病榻上的德川家康，在城破之际咽下最后一口气。
江户城的大火燃烧了三天三夜，黑烟遮天蔽日，百里可见。象征着德川幕府统治中枢的天守阁化为一片焦黑的废墟。
郑芝龙入城后，第一道命令便是全城大索十日！
丘成云的西厂番子与明军精锐分队逐街逐巷搜捕漏网的德川宗室、谱代重臣家族及顽固武士。一经捕获，无论男女老幼，尽数押往城郊刑场，公开处斩！
首级堆积如山，尸骸填满沟壑。血腥的清洗彻底碾碎了任何复辟的幻想。
江户陷落的消息如同惊雷传遍列岛。仍在抵抗的零星据点（如仙台的伊达政宗、会津的蒲生氏乡残部）闻讯，斗志瞬间瓦解，纷纷开城投降。九州、四国早已平定。本州、北海道（虾夷地）的残余势力在明军兵锋和西厂无孔不入的威慑下，相继归顺。
昭武五年六月十五日。
郑芝龙于江户城（更名为东瀛府）原址举行的盛大仪式上，正式宣布“东瀛承宣布政使司”成立！首任三司长官（由朝廷任命）走马上任。
九州、四国、本州、北海道被划分为十八府、一百二十县。大明官吏、律法、税制、科举、货币（大明宝钞强制推行）迅速覆盖全境。
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伊势神宫被明军接管，神体“八咫镜”被作为战利品装箱运往北京。京都的皇宫被严格监控，天皇沦为象征性傀儡。全国寺庙神社或毁或控，僧侣神官被迫还俗或接受改造。儒学社学如雨后春笋般在各地建立，孩童的朗朗读书声诵读着《三字经》与《大明律》。
